Zřejmě ještě počátkem června 1869 se Krnka vrátil do Vídně, kde jej uvítala ostrá reakce ze strany Bruno Bartha, jež souvisela s přijetím Krnkovy pušky do výzbroje carské armády, ale především s obnosem, který za ni dostal. Neobešlo se to bez zlé krve, urážek a pomluv. Barth s Hohenbruckem obvinili Krnku z bezohlednosti a porušení smluv, přičemž si také nárokovali podíl z částky 25 000 rublů. To ale vyvolalo ostrou Krnkovu reakci a vůči svým společníkům si už v dopise Barthovi z 2. června 1869 servítky nebral. Vyčetl mu především, že měl podle smlouvy zajistit přihlášení Krnkova patentu v řadě zemí, ale udělal to jen v případě Francie, Anglie a Belgie, navíc pod svým a Hohenbruckovým jménem, nikoliv Krnkovým. V Rusku Krnkův patent vůbec nebyl přihlášen, což mu, jak tvrdil, způsobilo „nevyčíslitelnou škodu“. Kdyby existoval, mohl by jej carské vládě prodat za podstatně větší sumu. Krnkovo tvrzení, že při patentové ochraně měl velkou šanci získat veškeré vládní zakázky, nelze brát vážně, jelikož v té době už velmi dobře věděl, jak se věci mají. Jednoznačně svým společníkům ale vysvětlil, že jejich nároky na podíl z oněch 25 000 rublů jsou zcela iluzorní, protože je dostal nikoliv za pušku, ale za patentovaný vynález jednotného náboje, s nímž nemají uzavřené smlouvy nic společného, což ovšem také nebyla pravda. Na druhé straně je třeba připustit, že první, kdo smlouvu z ledna 1867 porušil, byli Krnkovi společníci, takže lze chápat, že se necítil při jednání v Rusku porušenými smlouvami vázán. Kromě odhodlání řešit spor soudní cestou neopomněl Krnka navíc Barthovi připomenout zatajenou výrobu 200 pušek pro tureckou vládu zadanou za jeho zády u Thomase Sederla. K soudním dohrám zřejmě nedošlo, ale Krnkovo společenství s Barthem a Hohenbruckem vzalo jednoznačně za své.[1] Dnes ho připomínají jen privilegia s jejich jmény a ojedinělé exempláře ve sbírkách. Vztahy a spolupráci s Thomasem Sederlem to ale nijak do budoucna nepoznamenalo, oba celou záležitost uzavřeli 14. října 1869 Sederlovým prohlášením o vyrovnání veškerých závazků vyplývajících ze smluv s Barthem a Hohenbruckem.[2]
Závěry od Theodora Menkeho
Problémy s někdejšími společníky se sice Krnkovi vyřešit podařilo, ale ve Vídni jej čekala ještě další komplikace. Byl to zřejmě Thomas Sederl, kdo zjistil, že továrník Theodor Menke si ve Vídni na Mariahilfestrasse 115 pronajal tovární objekty a začal s výrobou závěrů Krnkova systému pro adaptované pušky, které si u něj objednala ruská vláda. Menke měl závod v Kyjevě a stal se jedním z šesti soukromých výrobců, jimž byly zakázky přiděleny. Za jakých okolností a podle kterých kritérií vybírala GAU firmy, jimž následně zadala objednávky, se můžeme jen dohadovat. Víme však, že Menkeho dílně zadala 9. května 1869 vláda objednávku na adaptaci 90 000 zbraní.
Vzhledem k tomu, že výhradní právo na výrobu zbraní Krnkova systému a jejich částí v Rakousku měl stále Thomas Sederl, podali oba u vídeňského magistrátu žalobu pro porušení práv. Než se věc dostala do pohybu, došlo 4. října 1869 k oboustranné dohodě zpečetěné smlouvou. Na jejím základě se Theodor Menke zavázal postupně vyplatit podle splátkového kalendáře částku 22 500 zlatých, přičemž počátek splátek byl stanoven na 22. října 1869 a poslední splátku ve výši 937 zlatých měli Sederl s Krnkou obdržet přesně do roka. Pokud by ale došlo k zastavení výroby pro carskou vládu, osvobozovala smlouva Menkeho od zaplacení poplatků podle počtu neodeslaných závěrů, přičemž odváděná částka z jednoho kusu činila 25 krejcarů.
Výroba závěrů organizovaná Menkem zůstává zatížena řadou otazníků. Dokumenty rozkrývající pozadí a vývoj celé záležitosti se v Krnkově pozůstalosti nedochovaly. Nevíme tedy, zda Menke závěry pro kyjevský závod ve Vídni skutečně vyráběl a Krnkovi se Sederlem postupně vyplácel sjednané částky. V širším kontextu se sice jednalo o okrajovou záležitost, ale zejména pro Krnku mohly platby od Menkeho – pokud k nim došlo – představovat nezanedbatelnou položku existenčního zajištění.