S rozpouštěním národních gard se zákonitě snižoval počet zakázek, jež zajišťovaly městskému puškaři živobytí, a tak se Krnka rozhodl k odchodu do Prahy. Někteří životopisci uvádějí, že puškařskou živnost ve Volyni ukončil se ztrátou veškerého svého jmění. Nakolik mohla být práce pro místní národní gardu v tak krátkém časovém období výnosná, je ovšem otázkou. Kdy se s prací městského puškaře rozloučil, nevíme, ale lze předpokládat, že zde setrval až do poloviny roku 1851 a pak odešel do Prahy.
Zde našel zaměstnání u věhlasného puškaře Antonína Vincence Lebedy (1798−1857), s nímž se údajně znal z dob svého učení ve Vídni. V Lebedově firmě nezakotvil na dlouho, byť se všeobecně uvádí, že zde pracoval tři roky.[1] Do jeho závodu ve Spálené ulici č. 1 na pražském Novém Městě nastoupil 27. srpna 1851 a po sedmnácti měsících, 5. února 1853, od Lebedy odešel.[2] Během té doby, ať už v rámci svých pracovních povinností nebo ve volném čase, se věnoval zdokonalování své zadovky v loveckém provedení, aniž by s ní dosáhl nějakého úspěchu. Navzdory relativně krátkému působení se Krnka v pozdějších letech k Lebedovi hlásil a považoval se za jeho žáka, snad především proto, že zbraně proslulého pražského puškaře byly známy a vysoce ceněny i v zahraničí. Ještě kratší epizodu ale představovalo jeho působení u firmy A. CH. Kehlner´s Neffe, Gewehrfabrik in Prag, kterou v té době vedl Kehlnerův synovec Antonín Eduard Petzold. K Petzoldovi přišel 8. února 1853, tedy krátce po odchodu z Lebedova závodu, a setrval zde do 29. listopadu 1853, čili pouze necelých deset měsíců.[3] Z jakých důvodů z Petzoldovy firmy odešel, lze opět jen spekulovat. Zcela jistě ale před ním vyvstala otázka dalšího existenčního zajištění a tudíž rozhodnutí ucházet se o místo puškaře v armádě nemuselo primárně souviset se snahou vylepšovat svůj systém zadovky.
[1] Valečkovo tvrzení žádný z pozdějších autorů nezpochybnil, někteří se dokonce přiklonili k názoru, že období Krnkova působení u Lebedy bylo delší než tři roky. Neučinil tak ani Václav M. Škorpil, který měl v době psaní svých studií v letech 1927−1928 Krnkovu pozůstalost k dispozici. Tradované tvrzení, že Krnka Lebedu znal z doby svého působení ve Vídni, má hypotetický charakter, neboť v té době Lebeda působil v Praze.