V době, kdy regiment sídlil ve Velkém Varadíně, našel Silvestr Krnka životní partnerku v tehdy sedmnáctileté Elisabeth Mannové, se kterou se v necelých 32 letech 30. června 1857 oženil. Elisabeth Mannová (13. ledna 1840 − 19. ledna 1902) byla dcerou Josefa Manna a Christiny Mannové, rozené Lingové (Linkové).[1] Odpověď na otázku, kde svoji budoucí ženu poznal, je poměrně jednoduchá: Josef Mann sloužil u Clam-Gallasova regimentu č. 10 jako žalářník (Regiment-Profoss). Během Silvestrova působení v armádě se manželům Krnkovým narodil syn Karel (6. 4. 1858, Nagyvárad – 25. 2. 1926, Praha), jenž jako jediný pokračoval ve šlépějích svého otce, a Emanuel (4. 9. 1860, Sárospatak – 11. 11. 1917, Praha-Michle). Datum narození třetího syna Johanna neznáme, víme o něm je to, že zemřel 25. dubna 1870 ve Vídni, kde byl také pochován. V dalších etapách jejich 45letého manželství přišli na svět Alžběta (1869 − 24. 10. 1955), Kateřina (1871), Marie (8. 9. 1872), Vladimír (1875), Silvestr (25. 10. 1879) a Božena (1881). Životní dráhy Silvestrových dětí nejsou dosud podrobněji zmapovány, avšak víme, že Emanuel se věnoval učitelskému povolání a působil od roku 1880 jako podučitel v Praze-Braníku, později se stal ředitelem škol v Michli. Vladimír byl soukromým úředníkem, po sňatku s Helenou Hrabánkovou se na nějakou dobu stal společníkem firmy Hrabánek a Krnka v Praze – Vršovicích, později pracoval ve firmě Kaliba a syn. Zemřel 15. dubna 1914 v necelých 40 letech. Silvestr Krnka junior se stal po první světové válce generálním tajemníkem Obchodní komory francouzsko-české a Ligy francouzsko-české v Paříži. Katuše Krnková se nikdy neprovdala, pracovala jako úřednice a zemřela v Praze 8. května 1928. Dcera Marie pracovala jako učitelka na Královských Vinohradech a od roku 1913 spravovala mateřskou školu v Čelakovského ulici. Ani ona se nikdy neprovdala. Zemřela 12. března 1953. Dospělosti se nedožila poslední z narozených dětí Božena, jelikož ji nešťastnou náhodou zastřelil revolverem její bratr Vladimír. Osudného 14. července 1886 v Michli našel Vladimír na zdi pověšený Silvestrův ostře nabitý revolver a ukazoval jej své mladší sestře, přičemž na ní zamířil a zasáhl ji do hlavy.[2]Děvčátko na následky střelného poranění zemřelo a lze si jen klást otázku, jak mohl tak zkušený a palných zbraní obeznalý člověk, jakým Silvestr nepochybně byl, nechat revolver na lehce přístupném místě. Většina podobných tragédií bývá důsledkem selhání lidského faktoru a jak patrno, nevyhnula se ani Krnkově rodině. Nic ale nenasvědčuje tomu, že by Silvestr Krnka svůj vztah k oboru následkem tragédie výrazně přehodnotil.
[2] Zprávu o neštěstí uveřejnily 15. července 1886 Národní listy na s. 3, ale také Národní politika téhož dne na stejné straně, přičemž se rozcházejí v líčení události a místa střelného poranění. V Pražském denníku se autor noticky držel interpretace zásahu hlavy, takže ji lze považovat za pravděpodobnější.